Nel corso del trasferimento di carica, esistono diversi effetti che possono interferire con il trasferimento stesso. Se la carica accumulata é prossima al valore massimo, i potenziali di clock ne vengono influenzati ed il trasferimento di carica può essere degradato. Se i pixel sono completamente riempiti, la carica può diffondere nei pixel adiacneti delle colonne che contengono i pixel saturati. La presenza di difetti nel substrato di silicio si può propagare, durante il processo di realizzazione del CCD, alla struttura stessa del CCD. Le cariche possono qui essere intrappolate ed il trasferimento di carica può essere ritardato in modo anche non lineare.
Un valore tipico della CTE (Charge Transfer Efficiency) é
dell'ordine di 0.999998.